«Concluyo ratificándome en cuanto llevo dicho, y sobre todo en lo que es objeto principal de mi tema: que estos Colegios, para llenar fielmente su cometido y su compromiso con vosotros que encomendáis a ellos vuestros hijos, no deben limitarse a la preparación necesaria en las materias que son objeto de examen, sino que deben desenvolver una enseñanza moral iniciada en el seno del hogar doméstico, y que nunca podéis delegar por completo, pero sí podéis, con buen derecho, pedir que se coadyuve a la misma en estos centros de enseñanza. Fiel a estas ideas, se abrió al público este Colegio de San Luis Gonzaga, en esta Villa, en octubre de 1894; y con las mismas convicciones damos principio al curso 1897-98.» («Discurso leído en el solemne acto de apertura del curso académico 1897-98» por Segismundo Orche y Cueto, en Curso Centenario Colegio San Luis: cien años de Pravia, Asociación de Antiguos Alumnos del Colegio San Luis, 1995)

La fundación del Colegio San Luis se atribuye al abogado e industrial praviano León Castrillón, que será profesor de historia además de entusiasta impulsor de la introducción fútbol, entonces novísimo deporte, en Pravia. El nuevo centro escolar, bajo la advocación de San Luis Gonzaga (1568 – 1591), jesuita italiano y patrono de la juventud, queda bajo la dirección del párroco, Eulogio Suárez Méndez. De aquellos primeros tiempos nos habla su anónimo biógrafo (Lo que Pravia debe a su párroco, Luarca, 1929, p. 6-9) que lo considera fundador del Colegio:

«En mayo de 1894 se acercó al Párroco de Pravia una Comisión de padres de familia, suplicándole que tomara a su cargo la fundación de un Colegio de Segunda Enseñanza en aquella Villa.
El pensamiento, en aquella ocasión, parecía descabellado, por existir Colegios de igual clase entonces, en Avilés, Grado, Tineo, Cangas, Luarca, Mieres, Langreo y hasta en Muros, que por cierto era el más acreditado y con una treintena de alumnos internos. El pueblo de Pravia, por sí solo, no daba una veintena de estudiantes ¿de dónde habían de salir los que se necesitaban para que el proyectado Colegio pudiera vivir?
Pero querer es poder, y a una voluntad firme y decidida nada se resiste. El Párroco de Pravia se decidió a dar la batalla, y la dio, a fe, con éxito decisivo.
Estudio y redactó para el nuevo Colegio unas bases tan originales, que son únicas en su clase, y tan prácticas que ellas han sido las que, en momentos difíciles, han salvado la vida de la naciente fundación. Hizo la elección de Profesores con ojo clínico tan certero que casi todos continuaron al frente de sus cátedras por espacio de muchos años; y algunos aún las desempeñan en la actualidad, al cabo de treinta y cuatro que cuenta de existencia el Colegio.
Hízose la inauguración del primer curso en Octubre, de aquel mismo año, y los exámenes de Junio del año siguiente, ante una Comisión de Profesores del Instituto de Oviedo, fueron brillantísimos.
La fama del nuevo Colegio de Pravia creció como la espuma, de año en año; y en la misma proporción, uno tras otro, fueron cerrándose todos los de las poblaciones inmediatas, hasta el extremo de que bien pronto el Colegio de Pravia pudo considerarse dueño de la situación en toda la comarca, tanto que hubo año en que el número de alumnos internos llegó a OCHENTA.»

El periódico La ilustración asturiana le dedicó un amplio artículo el 8 de julio de 1904 por el que sabemos que ocupaba «una espaciosa casa que reúne todas las comodidades necesarias en estos centros de enseñanza y está rodeado de frondosa huerta» y que los alumnos internos pagaban 540 pesetas al año por «manutención, enseñanza, lavado y planchado de ropa» y por 25 pesetas más se les ofrecía un servicio extra «de cama y mesa con todos los utensilios necesarios».

El colegio ofertaba también becas completas para alumnos de condición humilde, sufragadas por José Ramón Moutas y Miranda, y para familiares de profesores, según se desprende de una carta (Archivo Histórico Municipal, 426/1) dirigida por José Sánchez al Alcalde y fechada el 21 de septiembre de 1913: «(…) debo manifestarle que no sólo se hallan cubiertas las tres plazas gratuitas de los alumnos de este Colegio, sino que además cursan también gratuitamente otros seis alumnos (…); pero en el deseo de que disfruten de esta enseñanza el mayor número posible de niños pobres, dentro de lo que permitan los locales destinados a clases, tengo el gusto de participarle que puede esa Corporación Municipal acordar la provisión de  tres plazas más, gratuitas, para el próximo curso, rogándole encarecidamente que procure recaigan los nombramientos en aspirantes suficientemente preparados en primeras letras y para que así puedan recibir enseñanza con mayor aprovechamiento.» Los niños becados ese año eran César García Fernández, Eduardo, Luis y José Orche García, y Ramón Prendes Avello, de Pravia; Luis Dacal Menéndez y Benigno González, de Forcinas; Maximino Álvarez Menéndez de Agones, y Serafín Fernández Hevia de Beifar.

En estos primeros años el Ayuntamiento daba una  subvención al colegio que osciló entre las dos mil y mil quinientas pesetas anuales. Sabemos que, en 1902, el dinero que aportaba el consistorio se utilizaba en el alquiler de la casa donde estaba instalado el colegio, que pertenecía a Eusebio Salas quien cobraba 365 pesetas al trimestre. En 1910, había sectores de la población que reclamaban la retirada de la ayuda municipal, cosa que finalmente sucedió a tenor de lo que nos cuenta el biógrafo de don Eulogio:  «quienes fueron mimados y agasajados en aquel Colegio, como alumnos predilectos, tuvieron más tarde la gloria de contribuir con su voto a que la Corporación Municipal retirara la mezquina subvención de mil quinientas pesetas que venía concediendo para pago de alquiler de locales» especialmente comparándola con la que, según él, el Ayuntamiento de Langreo daba al centro de segunda enseñanza de su municipio que era de quince mil. También se queja del poco «calor y entusiasmo» con que el pueblo había acogido una institución que facilitaba la educación de los hijos sin que tuvieran que abandonar el hogar y que dinamizaba el comercio local.

En 1898, comienzan a impartirse en el colegio clases nocturnas para obreros, auspiciadas por Sabino Moutas. La Hoja Parroquial de 19 de marzo de 1933 felicita a los alumnos premiados que fueron José Quesada Fernández (primer premio), José Iturrate Solis, Marino Menéndez Menéndez, Serrano Menéndez Menéndez, Álvaro Pérez Menéndez, Luis Arias Fernández, Jesús Menéndez González, Luis Menéndez González, Francisco Suárez González, José López Gomez, Lucio Peláez Vázquez, Marino Rodríguez García, Manuel Menéndez García, César Menéndez Fernández, José Solís García, Eduardo López Cabezas, Marino Blanco Díaz y Luis Riesgo Fernández. Y añade «los alumnos premiados han convenido que el premio fuera una excursión, y señalaron como punto el lugar de Doiras.» La excursión se materializó el domingo 26 de marzo, tras la inevitable asistencia a la misa dominical de las seis de la mañana.

Fueron varios los que ocuparon el cargo de director tras don Eulogio, quizás el más conocido sea Manuel López de la Torre, que estuvo al frente del centro entre 1945 y 1987. Ese mismo año, el colegio empieza a ser regido por una cooperativa formada por profesores y personal no docente, cuyo primer presidente fue Ceferino Gómez Varela, empezando así una nueva etapa que continua en nuestros días.